看似很有道理~既然不是官方說法那就看看就好囉~~
黑衣人的真正的首腦，就是一直隱藏在他們身邊的阿笠博士DOC。LEE。
事情是這様的，工藤優作原先就 懷疑并且偵察黑衣組織。
以小説家的身份為掩護，秘密調查。
發現一些綫索後特意搬到黑衣組織首腦阿笠家的隔壁住，并且從小培養新一 ，
并派新一和阿笠混熟想借此偵察一些情報。當阿笠開始懷疑工藤父子的時候，想出一條毒計，
他派GIN和沃克跟踪出去约會的小蘭和 新一，大家都看過第一集，其實交易是幌子，
真正的目的是跟踪，于是新一也就被他們變成了柯南。之後，
阿笠順理成章地成為了新一的 同伴與監護人，并且柯南實際上成了阿笠手中的人質，
當時新一的父母第一次出現的那一集，實際是和阿笠談判的，
最終的結果是阿笠以 柯南要挾他們兩個人流放到瑞士。
而優作因為不能和新一説明真相，從而讓新一感到受騙，
受到傷害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你們看優作只有103集的時候回過日本，
還是變裝的，不能讓阿笠發現。
其實APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母聯合開發的，
而成功後哀的父母意外身亡。
阿笠留着柯南不死只不過想觀察藥品還有没 有其他的副作用。但是突然有一天，
優作和有紀子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接觸，讓他感受到了威脅，
于是安排 一個間諜時刻跟隨在柯南的身邊，那就是灰原哀。哀其實是APTX-4689的第一個實驗品，
本來藥的目的是永葆青春，没想到竟然 適得其反産生副作用，造成了身體變小。而柯南事件發生後，
哀就成了在柯南身邊卧底的最好人選。
為什麽柯南從來没有被騷擾過就是因 為柯南其實一直在黑衣組織最厲害的老大的監視下。
毛利小五郎也是因為追查阿笠才從警界退出的，當時槍撃非英裏事件只是借口，所以 後來暮木説毛利總是把他們引向歧途。
青山剛昌已經給大家提示了，不過因為太晦澀所以没幾個人看得出來。
其實阿笠這兩個字，如果拆解成阿竹立用日文反過來拼寫就是拉丁 文裏面的莫裏亞帝。
所以阿笠博士其實應該叫莫裏亞帝教授——福爾摩斯裏的罪惡的教授。
